بعد از تهيه بُرشهاي نازك و ظريف( مراحل چگونگی برش در ادامه مطلب موجود است)، نوبت به رنگآميزي آنها مي‌رسد. رنگآميزي به دو صورت امكان‌پذير است: ۱- رنگآميزي منفرد يا ساده، ۲- رنگآميزي مضاعف
در رنگآميزي ساده معموماً از يك معرف رنگي و در رنگآميزي مضاعف از دو و يا چند معرف رنگي استفاده مي‌گردد (در اكثر اوقات، از لوگول كه معرف نشاسته مي‌باشد در رنگآميزي ساده استفاده مي‌شود)
مراحل رنگآميزي مضاعف:
۱- قرار دادن بُرشهاي تهيه شده در آب ژاول ۲۰ درصد به مدت ۱۵ الي ۲۰ دقيقه، بسته به نوع بافت از لحاظ نرم بودن و يا خشبي بودن آن، جهت بي‌رنگ شدن بافتهاي گياهي
۲- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر (ترجيحاً عمل شستشو را در اين مرحله دو بار انجام دهيد. چرا كه در صورت باقي ماندن آب ژاول در بافت گياهي، ماندگاري آن كم خواهد شد)
۳- قرار دادن نمونه‌ها در اسيد استيك ۱۰ درصد به مدت ۲ دقيقه به منظور تركيب با آب ژاول باقيمانده در بافت گياهي (اگر بافت گياهي به مدت طولاني در اسيد استيك بماند متلاشي خواهد شد)
۴- قرار دادن بافت گياهي در متيلن آبي به مدت ۵ الي ۱۰ ثانيه (اولين مرحله‌ي رنگآميزي)
۵- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر
۶- قرار دادن نمونه‌ها در الكل اتانول ۷۰ درصد به مدت ۳ الي ۵ دقيقه به منظور شسته شدن رنگ اضافي متيلن آبي (به منظور حفظ رنگ آبي در بافتهاي چوبي و ليگنيني)
۷- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر
۸- قرار دادن نمونه‌ها در محلول كارمن زاجي جهت رنگ آميزي بافتهاي زنده و عموماً سلولزي به مدت ۱۰ الي ۱۵ دقيقه
۹- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر
* بعد از اين مرحله، با قرار دادن نمونه بر روي لام و سپس پوشاندن آن توسط لامل، نمونه‌ي مورد نظر آماده‌ي مشاهده و بررسي در زير ميكروسكوپ مي‌باشد
در رنگآميزي ساده معموماً از يك معرف رنگي و در رنگآميزي مضاعف از دو و يا چند معرف رنگي استفاده مي‌گردد (در اكثر اوقات، از لوگول كه معرف نشاسته مي‌باشد در رنگآميزي ساده استفاده مي‌شود)
مراحل رنگآميزي مضاعف:
۱- قرار دادن بُرشهاي تهيه شده در آب ژاول ۲۰ درصد به مدت ۱۵ الي ۲۰ دقيقه، بسته به نوع بافت از لحاظ نرم بودن و يا خشبي بودن آن، جهت بي‌رنگ شدن بافتهاي گياهي
۲- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر (ترجيحاً عمل شستشو را در اين مرحله دو بار انجام دهيد. چرا كه در صورت باقي ماندن آب ژاول در بافت گياهي، ماندگاري آن كم خواهد شد)
۳- قرار دادن نمونه‌ها در اسيد استيك ۱۰ درصد به مدت ۲ دقيقه به منظور تركيب با آب ژاول باقيمانده در بافت گياهي (اگر بافت گياهي به مدت طولاني در اسيد استيك بماند متلاشي خواهد شد)
۴- قرار دادن بافت گياهي در متيلن آبي به مدت ۵ الي ۱۰ ثانيه (اولين مرحله‌ي رنگآميزي)
۵- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر
۶- قرار دادن نمونه‌ها در الكل اتانول ۷۰ درصد به مدت ۳ الي ۵ دقيقه به منظور شسته شدن رنگ اضافي متيلن آبي (به منظور حفظ رنگ آبي در بافتهاي چوبي و ليگنيني)
۷- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر
۸- قرار دادن نمونه‌ها در محلول كارمن زاجي جهت رنگ آميزي بافتهاي زنده و عموماً سلولزي به مدت ۱۰ الي ۱۵ دقيقه
۹- شستشوي نمونه‌ها با آب مقطر
* بعد از اين مرحله، با قرار دادن نمونه بر روي لام و سپس پوشاندن آن توسط لامل، نمونه‌ي مورد نظر آماده‌ي مشاهده و بررسي در زير ميكروسكوپ مي‌باشد
** در صورت تمايل به نگهداري نمونه، مي‌توان بعد از مراحل رنگآميزي با افزودن يك قطره گليسيرين به نمونه، آن را جهت فيكس نمودن آماده كرد. سپس دور لامل مورد نظر را با لاك ناخن بي‌رنگ (جهت عدم نفوذ هوا، گرد و غبار و ساير مواد ديگر) پوشاند. اصولاً براي ماندگاري بيشتر نمونه، از يك قطره چسب كانادا بالزام استفاده مي‌شود. البته بدليل گران بودن، در اكثر موارد از اين گزينه صرف نظر خواهد شد.
