AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#1
سلام.
همون طور که می دونید بعضی وقتا توی مرحله دو سوالاتی می دن که می گن پلازمید رو برش دهنده هایی از قبیل EcoRI برش می دیم و قطعاتی به این طول بهمون می ده. بعد با یه برش دهنده دیگه بعد با هردو.
گفتم بذار خوب ما هم چند تا بذاریم یه کم بهتر بتونیم این سوالا رو جواب بدیم.

DNA حلقوی را با دو آنزیم E و S برش می دهیم. سپس با هردو همزمان. اگر قطعاتی به شرح زیر درست شوند مکان های برش پلازمید را با فاصله ها مشخص کنید ( می تونید مثلا تو پینت دایره بکشید علامت بزنید کدوم یکی هست این جا و چه قدر با برش بعدی فاصله داره

E : 2.1 + 3.6 + 5.4
S : 3.8 + 3.3 + 4.0
E+S : 3.3 + 3.0 + 2.1 + 1.3 + 0.8 + 0.6


روش اگوریتمی حل مسائل نقشه ژنی در پلازمید ها
1. دو هضم تک (ترجیحا با تعداد قطعات حاصل کمتر و بدون اعشار) و هضم مضاعف مربوط به آن ها را انتخاب کرده و نقشه ی خطی این دو را نسبت به هم رسم می کنیم.
2. مراحل بالا را برای دو هضم تک دیگر و هضم مضاعف مربوط به آن ایجاد می کنیم.
نکته! : قبل از انجام مرحله یک و دو رفرنس را انتخاب می کنیم ( اونی که دوتای دیگه رو نسبت به اون می سنجیم)
3. 2 نقشه ی ژنی به دست آمده را بر روی پلازمید به شرح زیر منتقل می کنیم :
الف) مکان برش های رفرنس را تعیین می کنیم
ب) نقشه ی ژنی خطی اول را منتقل می کنیم
ج) نقشه ی خطی دوم را با توجه به نقشه ی فعلی (حلقوی پلازمید) منتقل می کنیم. (با توجه به هضم های تک و مضاعف باقی مانده)
 
آخرین ویرایش توسط مدیر

mohsenKh

Well-Known Member
ارسال ها
260
لایک ها
253
امتیاز
63
#2
پاسخ : سوالات حل پلازمید


خيلــــــــــــــــــــــــــــــــی ممنون از این سوال خوب !!!!
 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#3
پاسخ : سوالات حل پلازمید

ایول کاملا درست بود. اینم یکی دیگه یه درجه سخت تره

e = 4.0 + 3.4 + 3.0 + 2.8
s = 6.8 + 3.3 + 2.1 + 1
s+e = 3.0 + 2.1 + 1.9 + 1.2 + 1.0 + 0.9

 

AminYar

New Member
ارسال ها
516
لایک ها
575
امتیاز
0
#4
پاسخ : سوالات حل پلازمید

ایول کاملا درست بود. اینم یکی دیگه یه درجه سخت تره

e = 4.0 + 3.4 + 3.0 + 2.8
s = 6.8 + 3.3 + 2.1 + 1
s+e = 3.0 + 2.1 + 1.9 + 1.2 + 1.0 + 0.9

برادر سوال درسته؟
مجموع قطعات e و s میشه 13.2 ولی وقتی باهم میزنند میشه 10.1؟
شاید تو یه نقطه یکسان هردو آنزیم جایگها برش دارند؟میدونی که در واقعیت غیر ممکنه؟
خواهشا اگه باید اینجوری حل کنیم بگین.
با تشکر از سوالاتون
 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#5
پاسخ : سوالات حل پلازمید

خوب نکته ی سوال همینه دیگه! یعنی یه سری قطعات انقدر اندازه شون نزدیک به همه که توی ژل الکتروفورز هر چند تا قطعه با هم فقط یه خط رو درست می کنن. یعنی مثلا تو این سوال از یه سری قطعات توی اس+ای دوبار هست.
شما الان باید بگردید ببینید مثلا فاصله ی بین 10.1 با 13.2 رو چه جوری می تونین با این اندازه های بالا اگر از بعضی هاشون دو تا باشه درست کنید.
 

AminYar

New Member
ارسال ها
516
لایک ها
575
امتیاز
0
#6
پاسخ : سوالات حل پلازمید

خوب نکته ی سوال همینه دیگه! یعنی یه سری قطعات انقدر اندازه شون نزدیک به همه که توی ژل الکتروفورز هر چند تا قطعه با هم فقط یه خط رو درست می کنن. یعنی مثلا تو این سوال از یه سری قطعات توی اس+ای دوبار هست.
شما الان باید بگردید ببینید مثلا فاصله ی بین 10.1 با 13.2 رو چه جوری می تونین با این اندازه های بالا اگر از بعضی هاشون دو تا باشه درست کنید.
آها پس چشم پوشی میشه
دیدم چقدر اعداد نزدیک در میاد شک کرده بودم اون 1.2 نباشه و گفتم شاید1.3 بوده:90:
چجوری میشه جواب رو وارد سایت کرد؟
 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#7
پاسخ : سوالات حل پلازمید

تو پینت جواب رو بکشید بعد تو یه سایت آپلود عکس واردش کنید و از توی همین قسمت پاسخ یه دونه هست تصویر. لینک عکس رو تو اون بزنین تا بیاره عکسه رو.

شاید تو یه نقطه یکسان هردو آنزیم جایگها برش دارند؟میدونی که در واقعیت غیر ممکنه؟
راستی اینم غیر ممکن نیست. ولی احتمالش خیلی کمه. در واقع چون روش های الکتروفورز اونقدر دقیق دقیق نیستن که مثلا فاصله 20 جفت باز رو تشخیص بدن می شه کفت مثلا توالی های برش دو آنزیم انقدر نزدیک بوده که اون ما به التفاوت درواقع قابل چشم پوشیه. مثل سوالی که توی مرحله دو دوره ده یا نه داده بودن که یه جا رو هر دو آنزیم برش میزنن.
 

AminYar

New Member
ارسال ها
516
لایک ها
575
امتیاز
0
#8
پاسخ : سوالات حل پلازمید

غيرممكن كه هست ولي اگه شرايط سوال ايجاب كرد مانعي نداره
 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#9
پاسخ : سوالات حل پلازمید

هیچ کسی نتونست حلش کنه؟؟؟ بابا دیگه اونقدر هم سخت نیستا!!!
یه راهنمایی می کنم. موقع حل سوالا این یادتون باشه که اگه برش دو آنزیم روی هم نباشه همیشه تعداد کل برش های هر دو آنزیم برابره جمع برشای تک تکشون. پس حالا که هر آنزیم چهار برش داره پس در مجموع باید قاعدتا هشت برش باشه. حالا توی دو تا با هم ما 6 برش داریم. پس یعنی دوتا از این قطعه ها دوبار توی دی ان ای هستن.(البته این دو جفت مثل هم نیستن فقط اندازه شون برابره)
سریع حلش کنید بعدی نکته های بیشتری داره.
 

mohsenKh

Well-Known Member
ارسال ها
260
لایک ها
253
امتیاز
63
#10
پاسخ : سوالات حل پلازمید




باز هم تشکر از سوال خوبی که مطرح کردید !!!!
 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#11
پاسخ : سوالات حل پلازمید

ایول! عالی عالی! بازم کاملا درسته.
می خواستم دوباره یه دو آزنیمی نسبتا سخت بذارم ولی گفتم بذار قبلش یه سه آنزیمی بذارم.

این یه دونه خیلی آسون

p = 4.36
e = 4.36
s = 4.36
e+s = 3.98 + 0.38
e+p = 3.61 + 0.75
p+s = 3.23 + 1.13


این یکی هم یه درجه سخت تر
s = 5.9 + 4.3
b = 8.2 + 2.0
a = 5.3 + 4.9
s+a = 3.3 + 2.6 + 2.3 + 2.0
s+b = 5.4 + 2.8 + 1.5 + 0.5
a+b = 5.3 + 2.1 + 2.0 + 0.8


باز هم تشکر از سوال خوبی که مطرح کردید !!!!
از شما هم خیلی تشکر که عالی حلش کردید! :)

راستی اگه کس دیگه هم داره که بذاره منم به جمع حل کنندگان بپیوندم خیلی عالی می شه ها! :)
 

mohsenKh

Well-Known Member
ارسال ها
260
لایک ها
253
امتیاز
63
#12
پاسخ : سوالات حل پلازمید

آسونه :


سخته :


ممنــــــــــــــــــــــــــــــون !!!!
 
آخرین ویرایش توسط مدیر

mohsenKh

Well-Known Member
ارسال ها
260
لایک ها
253
امتیاز
63
#13
پاسخ : سوالات حل پلازمید

سه آنزیم B , A و C در پلازمید باکتری E.coli دارای جایگاه تشخیص هستند . اين پلازميدها را در 6 لوله ی آزمايش با اين آنزيم ها مخلوط می کنيم ؛ سپس مخلوط حاصل را در چاهک دستگاه الکتروفورز می ريزيم . اندازه مولکول های به دست آمده در جدول زیر نوشته شده است . با رسم يک دايره ، جايگاه برش اين سه آنزيم در پلازميد و فاصله ی آنها را از يکديگر مشخص کنيد .

[TABLE="class: grid, width: 500"]
[TR]
[TD] انــــدازه [/TD]
[TD] آنزیم[/TD]
[TD] شماره لوله آزمايش[/TD]
[/TR]
[TR]
[TD] 6.9 + 14.2 [/TD]
[TD] A[/TD]
[TD] 1[/TD]
[/TR]
[TR]
[TD] 10.3 + 10.8 [/TD]
[TD] B[/TD]
[TD] 2[/TD]
[/TR]
[TR]
[TD] 6.1 + 15[/TD]
[TD] C[/TD]
[TD] 3[/TD]
[/TR]
[TR]
[TD] 2.3 + 4.6 + 5.7 + 8.5[/TD]
[TD] A , B[/TD]
[TD] 4[/TD]
[/TR]
[TR]
[TD] 6.9 + 3 + 6.1 + 5.1 [/TD]
[TD] A , C[/TD]
[TD] 5[/TD]
[/TR]
[TR]
[TD] 7.6 + 2.7 + 3.4 + 7.4[/TD]
[TD] B , C[/TD]
[TD] 6[/TD]
[/TR]
[/TABLE]
 
آخرین ویرایش توسط مدیر

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#14
پاسخ : سوالات حل پلازمید

توی لوله های چهار و پنج جای بی و سی عوض اشتباه نشده؟
 

mohsenKh

Well-Known Member
ارسال ها
260
لایک ها
253
امتیاز
63
#15
پاسخ : سوالات حل پلازمید

بله درست میگی
اصلاحش کردم
 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#16
آخرین ویرایش توسط مدیر

mohsenKh

Well-Known Member
ارسال ها
260
لایک ها
253
امتیاز
63
#17
پاسخ : سوالات حل پلازمید

آفريــــــــن !!!
درست بود . من فعلا سوال دیگه ای ندارم اگه سوالی بود می نويسم حل کنی(م)
 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#18
پاسخ : سوالات حل پلازمید

این فعلا یه دونه دیگه
من تا فردا شب نمی یام... آقا محسن اگه کس دیگه ای حل نکرد خودت حلش رو بذار. (راستی این عکسا الان برام نمی یاد دیگه! برا شما ها می یاد؟ )

e : 3.4 + 2.9 + 5.1
s : 4.2 + 0.8 + 4.9 + 4.4
s+e : 4.1 + 2.9 + 1.3 + 1.0 + 0.8 + 0.5

این رو من برای دوستم دادم حل کنه 17 دقیقه طول کشید تا حل کنه.
 

mohsenKh

Well-Known Member
ارسال ها
260
لایک ها
253
امتیاز
63
#19
پاسخ : سوالات حل پلازمید

سوال نسبتاً ســــــختی بود

 

AnuBiS

Well-Known Member
ارسال ها
271
لایک ها
459
امتیاز
63
#20
پاسخ : سوالات حل پلازمید

کاملا درست بود.

بچه ها این یه الگوریتمه برای حل این جور سوال ها. البته این برای وقتییه که سه آنزیم باشن

روش اگوریتمی حل مسائل نقشه ژنی در پلازمید ها
1. دو هضم تک (ترجیحا با تعداد قطعات حاصل کمتر و بدون اعشار) و هضم مضاعف مربوط به آن ها را انتخاب کرده و نقشه ی خطی این دو را نسبت به هم رسم می کنیم.
2. مراحل بالا را برای دو هضم تک دیگر و هضم مضاعف مربوط به آن ایجاد می کنیم.
نکته! : قبل از انجام مرحله یک و دو رفرنس را انتخاب می کنیم ( اونی که دوتای دیگه رو نسبت به اون می سنجیم)
3. 2 نقشه ی ژنی به دست آمده را بر روی پلازمید به شرح زیر منتقل می کنیم :
الف) مکان برش های رفرنس را تعیین می کنیم
ب) نقشه ی ژنی خطی اول را منتقل می کنیم
ج) نقشه ی خطی دوم را با توجه به نقشه ی فعلی (حلقوی پلازمید) منتقل می کنیم. (با توجه به هضم های تک و مضاعف باقی مانده)


این ها رو تو پست اول هم می ذارم. یه کم تمرین کنین براتون راحت می شه
 
بالا