ایزومری فضایی

[s.l.v.n]

پاسخ : ایزومری فضایی

در يك پروتئين " فقط " بايد از يك نوع كانفيگوراسيون استفاده كرد والا ساختار پايدار نيست ساختار هاي الفا و بتا قادر به تشكيل نخواهند بود
درواقع هم l قادر به ساخت مارپيچ الفا است هم d
اما نميتونن كنار هم بيان
ولي اين دليل نميشه پروتئين هايي با امينو اسيد هاي d وجود نداشته باشن وجود دارن اما خيلي كمن

براي اون مثالي هم كه با "دست" زديد
فك كنم تو ساختار بتا همين جوري يك بار گروه R بالا است يك بار پايين
مثال مناسبي نبود :4:

 

[Ibo_Dec]

پاسخ : ایزومری فضایی

در يك پروتئين " فقط " بايد از يك نوع كانفورماسيون استفاده كرد والا ساختار پايدار نيست ساختار هاي الفا و بتا قادر به تشكيل نخواهند بود
درواقع هم l قادر به ساخت مارپيچ الفا است هم d
اما نميتونن كنار هم بيان
ولي اين دليل نميشه پروتئين هايي با امينو اسيد هاي d وجود نداشته باشن وجود دارن اما خيلي كمن

براي اون مثالي هم كه با "دست" زديد
فك كنم تو ساختار بتا همين جوري يك بار گروه R بالا است يك بار پايين
مثال مناسبي نبود :4:

بله درست مي گوييد. من هدفم از مطرح كردن ان مثال و قضيه ي "دست" صرفا براي درك راحت ترِ جابه جايي گروه هاي جانبي در جاي غير معمول خود بود كه همين باعث ناپايداري و عدم فعاليت پروتئين مي شود.
ولي مثل اينكه اقاي [MENTION=8380]imi007[/MENTION] ساختاري پايدار براي اين حالت پيدا كرده اند هرچند مطمئنم كه ان هم غيرفعال است ولي مشتاق شدم ان ساختار پايدار از يك درميان l وdامينواسيد را بدانم .

 

[Catalyst]

پاسخ : ایزومری فضایی

راستش تو این سلول فرضی که مطرح کردین به نظرم کلی مشکل پیش میاد. اولا آنزیمای اناتیومر d کلی محصول با استریوشیمی متفاوت درست میکنن که ممکنه مهارکننده بقیه آنزیما باشه یا طی واکنشای جانبی محصولات مضری تولیدکنن. ضمنا پروتئینای انانتیومر d کاملا ممکنه که با عملکرد بقیه پروتئینا تداخل داشته باشن

 

[Ibo_Dec]

پاسخ : ایزومری فضایی

راستش تو این سلول فرضی که مطرح کردین به نظرم کلی مشکل پیش میاد. اولا آنزیمای اناتیومر d کلی محصول با استریوشیمی متفاوت درست میکنن که ممکنه مهارکننده بقیه آنزیما باشه یا طی واکنشای جانبی محصولات مضری تولیدکنن. ضمنا پروتئینای انانتیومر d کاملا ممکنه که با عملکرد بقیه پروتئینا تداخل داشته باشن

براي ان قسمتي را كه بولد كردم مي توانيد مثالي را بزنيد ؟

 

[iman HN]

پاسخ : ایزومری فضایی

بله درست مي گوييد. من هدفم از مطرح كردن ان مثال و قضيه ي "دست" صرفا براي درك راحت ترِ جابه جايي گروه هاي جانبي در جاي غير معمول خود بود كه همين باعث ناپايداري و عدم فعاليت پروتئين مي شود. ولي مثل اينكه اقاي [MENTION=8380]imi007[/MENTION] ساختاري پايدار براي اين حالت پيدا كرده اند هرچند مطمئنم كه ان هم غيرفعال است ولي مشتاق شدم ان ساختار پايدار از يك درميان l وdامينواسيد را بدانم .

دوست عزیز ممنون از اشتیاقتون!اولا باید بگم اون چیزی شما تو زیست با l و d بیان میکنید تو شیمی با سیستم r و s بیان میشه و اگ دوست دارید چیزی فراتر از اون چه تو زیست خوندید راجع ب واکنش های فضاگزین و کانفورماسیون مولکولی بخونید کلی شیمی آلی و معدنی میتونم بهتون معرفی کنم(البته بیشتر ب آلی برمیگرده)...ثانیا پایداری ب معنی واکنش پذیری با آنزیم نیست و پایداری یعنی ثابت تلاشی یک مولکول در واحد زمان ب اندازه ای کوچیک باشه ک قابل چشم پوشی باشه و اینکه کانفورمر های از نوع مختلف باهم واکنش میدن مولکول ناپایدار تشکیل نمیدن مگه اینکه شکل رشته پلی پپتید تو ساختاری ک قراره از اون ساخته شه تأثیر داشته باشه ک اونم ناپایدارتر از حالت اولیه میشه ن اینکه کلا مولکول نابود شه!بازم هرطور خواستید فکر کنید!

 

[Ibo_Dec]

پاسخ : ایزومری فضایی

دوست عزیز ممنون از اشتیاقتون!اولا باید بگم اون چیزی شما تو زیست با l و d بیان میکنید تو شیمی با سیستم r و s بیان میشه و اگ دوست دارید چیزی فراتر از اون چه تو زیست خوندید راجع ب واکنش های فضاگزین و کانفورماسیون مولکولی بخونید کلی شیمی آلی و معدنی میتونم بهتون معرفی کنم(البته بیشتر ب آلی برمیگرده)...ثانیا پایداری ب معنی واکنش پذیری با آنزیم نیست و پایداری یعنی ثابت تلاشی یک مولکول در واحد زمان ب اندازه ای کوچیک باشه ک قابل چشم پوشی باشه و اینکه کانفورمر های از نوع مختلف باهم واکنش میدن مولکول ناپایدار تشکیل نمیدن مگه اینکه شکل رشته پلی پپتید تو ساختاری ک قراره از اون ساخته شه تأثیر داشته باشه ک اونم ناپایدارتر از حالت اولیه میشه ن اینکه کلا مولکول نابود شه!بازم هرطور خواستید فکر کنید!

نمي دانم جمله ي اول تان را كنايه ر نظر بگيرم يا از محبت تون بدونم .(اخر اين چند روزه انقدر كنايه شنيدم كه ديگر تفكيكش برايم سخت شده است. به هر حال ممنون .)
ان قسمتي را كه بولد كردم را متوجه نشدم از كجاي حرف هاي من چنين برداشتي كرديد ! تصور مي كنم موضوع پايداري نسبي يك چيز پرواضحي باشد ولي با اين حال ممنون براي ياداوري تون .
اما من هنوز متوجه جواب تان نشدم ، البته به جز متوجه شدن يك سري كتبي كه شـما خوانديد و احتمالا من نه .
اگر اين پست تان در جواب سوال تاپيك است. كه جواب تاپيك پرواضح است. پروتئين غيرفعال است . حالا چه اصلا تشكيل بشود و چه نشود.
اين از جمله ي تان در پست #19 هست :

در بحث پایداری فک نمی کنم تفاوتی ایجاد کنه!
حتی گاهی اوقات پایدار تر هم می کنه!

ممنون مي شوم مقالي براي ان اوقات كه بايدارتر مي شود براي پروتئيني كه يك در ميان از امينواسيدهايي با فرم l,d تشكيل شده است.

 

[iman HN]

پاسخ : ایزومری فضایی

نمي دانم جمله ي اول تان را كنايه ر نظر بگيرم يا از محبت تون بدونم .(اخر اين چند روزه انقدر كنايه شنيدم كه ديگر تفكيكش برايم سخت شده است. به هر حال ممنون .)
ان قسمتي را كه بولد كردم را متوجه نشدم از كجاي حرف هاي من چنين برداشتي كرديد ! تصور مي كنم موضوع پايداري نسبي يك چيز پرواضحي باشد ولي با اين حال ممنون براي ياداوري تون .
اما من هنوز متوجه جواب تان نشدم ، البته به جز متوجه شدن يك سري كتبي كه شـما خوانديد و احتمالا من نه .
اگر اين پست تان در جواب سوال تاپيك است. كه جواب تاپيك پرواضح است. پروتئين غيرفعال است . حالا چه اصلا تشكيل بشود و چه نشود.
اين از جمله ي تان در پست #19 هست :

ممنون مي شوم مقالي براي ان اوقات كه بايدارتر مي شود براي پروتئيني كه يك در ميان از امينواسيدهايي با فرم l,d تشكيل شده است.

ببینید من تو همون اول هم گفتم به خاطر شکل فضایی متفاوت امکان فعالیت مورد نظر ما رو نداره!
اما نداشتن فعالیت باعث ناپایداری اون نمیشه...مثلا ما دو نوع گلوکز داریم که کانفورمر هم محسوب میشن اما یکی از فرم هاش به عنوان سوخت سلول محسوب میشه و اون یکی اصن هیچ فایده ای نداره!

 

[Ibo_Dec]

پاسخ : ایزومری فضایی

ببینید من تو همون اول هم گفتم به خاطر شکل فضایی متفاوت امکان فعالیت مورد نظر ما رو نداره!
اما نداشتن فعالیت باعث ناپایداری اون نمیشه...مثلا ما دو نوع گلوکز داریم که کانفورمر هم محسوب میشن اما یکی از فرم هاش به عنوان سوخت سلول محسوب میشه و اون یکی اصن هیچ فایده ای نداره!

بله.نداشتن فعاليت لزوماً باعث ناپايداري نمي شود . ولي در اين مورد و در رابطه با پروتئيني با امينواسيد هاي l,d ان هم يك در ميان با توجه به جابه جاييِ گروه هاي جانبي در محلي غير از محل اصلي خود ، و چون در محل اصلي خود بيشترين پايداري را دارند (حالا چه همه از l-امينواسيد باشند يا همه از d-امينواسيد تشكيل شده باشند.) پس وقتي گروه ها در جايي غير از محل اصلي خود باشند پايداري نسبي كمتري دارند و مي شود گفت اين مدل ناپايدارتر از مدل همه از يك نوع كانفومر مي باشد و يا به عبارتي اين مدل پايداري كمتري نسبت به مدل با همه از يك نوع كانفومر را دارند.
(الان توضيحات من راجع به پروتئين نه فقط يك امينواسيد واضح است اگر خلاف عقيده و ايده ي من را داريد با مثالي (از ساختار پروتئيني با يك درميان امينواسيدهاي l,d ) نقض كنيد. )

---- دو نوشته به هم متصل شده است ----

درضمن روي صحبت من با يك امينواسيد با كانفومر هاي مختلف نيست كه مثالي از يك گلوكز با كانفومر هاي مختلف مي زنيد ! وگرنه اين موضوع راجع به امينواسيدها هم صادق است . مسئله پايداري ان در مجموعه اي از امينواسيد هاي l,d به صورت يك درميان نسبت به مجموعه اي از امينواسيدهاي l ويا مجموعه اي از امينواسيدهاي d ميباشد !!!!!!!

 

[kiana kiani]

پاسخ : ایزومری فضایی

دوست عزیز ممنون از اشتیاقتون!اولا باید بگم اون چیزی شما تو زیست با l و d بیان میکنید تو شیمی با سیستم r و s بیان میشه و اگ دوست دارید چیزی فراتر از اون چه تو زیست خوندید راجع ب واکنش های فضاگزین و کانفورماسیون مولکولی بخونید کلی شیمی آلی و معدنی میتونم بهتون معرفی کنم(البته بیشتر ب آلی برمیگرده)...ثانیا پایداری ب معنی واکنش پذیری با آنزیم نیست و پایداری یعنی ثابت تلاشی یک مولکول در واحد زمان ب اندازه ای کوچیک باشه ک قابل چشم پوشی باشه و اینکه کانفورمر های از نوع مختلف باهم واکنش میدن مولکول ناپایدار تشکیل نمیدن مگه اینکه شکل رشته پلی پپتید تو ساختاری ک قراره از اون ساخته شه تأثیر داشته باشه ک اونم ناپایدارتر از حالت اولیه میشه ن اینکه کلا مولکول نابود شه!بازم هرطور خواستید فکر کنید!

کی گفته rوsبودن در شیمی به منزله ی dوlبودن در زیسته؟
دو موضوعه متفاوتن..
شایدم من منظورتونو اشتباه فهمیدم...

 

[iman HN]

پاسخ : ایزومری فضایی

کی گفته rوsبودن در شیمی به منزله ی dوlبودن در زیسته؟
دو موضوعه متفاوتن..
شایدم من منظورتونو اشتباه فهمیدم...

هر دو یه چیز رو بیان میکنن...

---- دو نوشته به هم متصل شده است ----

بله.نداشتن فعاليت لزوماً باعث ناپايداري نمي شود . ولي در اين مورد و در رابطه با پروتئيني با امينواسيد هاي l,d ان هم يك در ميان با توجه به جابه جاييِ گروه هاي جانبي در محلي غير از محل اصلي خود ، و چون در محل اصلي خود بيشترين پايداري را دارند (حالا چه همه از l-امينواسيد باشند يا همه از d-امينواسيد تشكيل شده باشند.) پس وقتي گروه ها در جايي غير از محل اصلي خود باشند پايداري نسبي كمتري دارند و مي شود گفت اين مدل ناپايدارتر از مدل همه از يك نوع كانفومر مي باشد و يا به عبارتي اين مدل پايداري كمتري نسبت به مدل با همه از يك نوع كانفومر را دارند.
(الان توضيحات من راجع به پروتئين نه فقط يك امينواسيد واضح است اگر خلاف عقيده و ايده ي من را داريد با مثالي (از ساختار پروتئيني با يك درميان امينواسيدهاي l,d ) نقض كنيد. )

---- دو نوشته به هم متصل شده است ----

درضمن روي صحبت من با يك امينواسيد با كانفومر هاي مختلف نيست كه مثالي از يك گلوكز با كانفومر هاي مختلف مي زنيد ! وگرنه اين موضوع راجع به امينواسيدها هم صادق است . مسئله پايداري ان در مجموعه اي از امينواسيد هاي l,d به صورت يك درميان نسبت به مجموعه اي از امينواسيدهاي l ويا مجموعه اي از امينواسيدهاي d ميباشد !!!!!!!

یا من بد توضیح میدم یا شما متوجه توضیحم نمیشید...خب کاربر عزیز منم گفتم پایداری کمتر لزوما به معنای ناپایداری نیست!
بیخیال اصن...شما هرچی گفتید درست...

 

[Ibo_Dec]

پاسخ : ایزومری فضایی

کی گفته rوsبودن در شیمی به منزله ی dوlبودن در زیسته؟
دو موضوعه متفاوتن..
شایدم من منظورتونو اشتباه فهمیدم...

سيستم ديگر براي مشخص كردن كانفيگوراسيون حول يك مركز كايرال ، سيستم rs است كه در نامگذاري سيستماتيك
شيمي الي استفاده مي شود و توصيف دقيق تري درمورد كانفيگوراسيون مولكول هايي با بيش إز يك مركز كايرال ارائه مي كند.

 

[arian khani]

پاسخ : ایزومری فضایی

سيستم ديگر براي مشخص كردن كانفيگوراسيون حول يك مركز كايرال ، سيستم rs است كه در نامگذاري سيستماتيك
شيمي الي استفاده مي شود و توصيف دقيق تري درمورد كانفيگوراسيون مولكول هايي با بيش إز يك مركز كايرال ارائه مي كند.

اگه منظورتون اينه که فقط براي مولکولايي بابيش از مرکز کايرال استفاده ميشه بايد بگم اشتباه ميکنين!!!!

 

[Ibo_Dec]

پاسخ : ایزومری فضایی

اگه منظورتون اينه که فقط براي مولکولايي بابيش از مرکز کايرال استفاده ميشه بايد بگم اشتباه ميکنين!!!!

+ منبع : لنينجر-فصل سوم - تيتر: قراردادهاي كليدي .
براي sr گفته است درمورد كانفيگوراسيون مولكول هايي با بيش إز يك مركز كايرال !! نگفت يك و بيش إز يك ، گفت بيش إز يك !
انتشارات جعفري- صفحه ي 88 دقيقا خط اخر ستون اول.

 

[arian khani]

پاسخ : ایزومری فضایی

+ منبع : لنينجر-فصل سوم - تيتر: قراردادهاي كليدي .
براي sr گفته است درمورد كانفيگوراسيون مولكول هايي با بيش إز يك مركز كايرال !! نگفت يك و بيش إز يك ، گفت بيش إز يك !
انتشارات جعفري- صفحه ي 88 دقيقا خط اخر ستون اول.

حدس ميزدم که الان يه منبع ميدين!!!!آره اين دقيقا متن لنينجره ولي منظورش اين بوده که ساختمان ملکول هايي با بيش از يک کربنو چون l,d نميتونه خوب توصيف کنه از rs استفاده ميشه،،،،،ولي براي يدونه اتمم خيلي کاربرد داره،،،،
منبع:همه ي کتاب هاي بيوشيمي!!!!!

 

[erfan54]

پاسخ : ایزومری فضایی

L (بزرگ) و D (بزرگ) براي هر مولكول با توجه به كانفيگوراسيون قند ٣ كربنه آلدهيد (گليسرآلدهيد) تعريف ميشه كه فقط يه مركز كايرال داره
تو گليسرآلدهيد هم نوع ايزومر فضايي با توجه به سيستم R و S براي تنها كربن كايرالش تعريف ميشه!
اما چرا اين كارو كردن؟!
واسه اين كه بتونن نام گذاري درستي براي مولكول هايي با بيش از يك مركز كايرال داشته باشن (مثلا تو قند ها :كربن n-1 يا مثلا تو آمينو اسيدها: كربن آلفا)
___
در ضمن فك كنم همه مي دونن كه اِل و دي بزرگ و كوچيك با هم فرق دارن ديگه (سايت همرو كوچيك ميزنه)

 

[arian khani]

پاسخ : ایزومری فضایی

L (بزرگ) و D (بزرگ) براي هر مولكول با توجه به كانفيگوراسيون قند ٣ كربنه آلدهيد (گليسرآلدهيد) تعريف ميشه كه فقط يه مركز كايرال داره
تو گليسرآلدهيد هم نوع ايزومر فضايي با توجه به سيستم R و S براي تنها كربن كايرالش تعريف ميشه!
اما چرا اين كارو كردن؟!
واسه اين كه بتونن نام گذاري درستي براي مولكول هايي با بيش از يك مركز كايرال داشته باشن (مثلا تو قند ها :كربن n-1 يا مثلا تو آمينو اسيدها: كربن آلفا)
___
در ضمن فك كنم همه مي دونن كه اِل و دي بزرگ و كوچيك با هم فرق دارن ديگه (سايت همرو كوچيك ميزنه)

دوست عزيز سيستم RSوLDاصلا هيچ ربطي بهم ندارن!!!!در ضمن نامگذاري RSتو سيستماتيک شيمي آلي خيلي کاربرد داره
سيستم RSبراي نامگذاري مولکول هاي آلي باهر چند تا اتم کربن کاربرد داره،،،،،ولي سيستم LD تقريبا تو شيمي هيچ کاربردي نداره و خاص زيسته!!!!!!!وهيچ جوري ام نميشه گفت که L همون Rو برعکس ،،،براي مثال همه ي آمينو اسيد هاي زيستي ساختار L دارن ولي همشون s نيستن R هم توشون هست!!!!!!

 

[erfan54]

پاسخ : ایزومری فضایی

دوست عزيز سيستم rsوldاصلا هيچ ربطي بهم ندارن!!!!در ضمن نامگذاري rsتو سيستماتيک شيمي آلي خيلي کاربرد داره
سيستم rsبراي نامگذاري مولکول هاي آلي باهر چند تا اتم کربن کاربرد داره،،،،،ولي سيستم ld تقريبا تو شيمي هيچ کاربردي نداره و خاص زيسته!!!!!!!وهيچ جوري ام نميشه گفت که l همون rو برعکس ،،،براي مثال همه ي آمينو اسيد هاي زيستي ساختار l دارن ولي همشون s نيستن r هم توشون هست!!!!!!

مگه من گفتم r همون d و برعكس ؟؟
من گفتم l&d بر اساس گليسر آلدهيد تعريف ميشن.

 

[arian khani]

پاسخ : ایزومری فضایی

مگه من گفتم r همون d و برعكس ؟؟
من گفتم l&d بر اساس گليسر آلدهيد تعريف ميشن.

ببخشيد شاي من منظورتونو نتوجه نشدم،،،،ولي rs اصلا تو زيست کاربردي چنداني نداره،،،اگه منظور شما همينه چه خوب!!!!!

 

[Ibo_Dec]

پاسخ : ایزومری فضایی

L (بزرگ) و D (بزرگ) براي هر مولكول با توجه به كانفيگوراسيون قند ٣ كربنه آلدهيد (گليسرآلدهيد) تعريف ميشه كه فقط يه مركز كايرال داره
تو گليسرآلدهيد هم نوع ايزومر فضايي با توجه به سيستم R و S براي تنها كربن كايرالش تعريف ميشه!
اما چرا اين كارو كردن؟!
واسه اين كه بتونن نام گذاري درستي براي مولكول هايي با بيش از يك مركز كايرال داشته باشن (مثلا تو قند ها :كربن n-1 يا مثلا تو آمينو اسيدها: كربن آلفا)
___
در ضمن فك كنم همه مي دونن كه اِل و دي بزرگ و كوچيك با هم فرق دارن ديگه (سايت همرو كوچيك ميزنه)

اهان. فهميدم. متوجه اشتباهم شدم. ممنون .