عوامل پایداری ساختار پروتئین
- ارسال ها
- 454
- لایک ها
- 472
- امتیاز
- 0
پاسخ : عوامل پایداری ساختار پروتئین
پیوند دی سولفید زمانی ایجاد میشه که دو تا سیستئین کنار هم قرار بگیرند، این اتفاق بیشتر در ساختار سوم میوفته اما امکانش هم هست که در ساختار دوم یا حتی اول بیوفته.
من عوامل پایداری ساختار را به تفکیک میخوام؛ مثلا بگید عامل پایدارکننده ساختار دوم .............؛ عامل پایدارکننده ساختار سوم ................
پیوند دی سولفید زمانی ایجاد میشه که دو تا سیستئین کنار هم قرار بگیرند، این اتفاق بیشتر در ساختار سوم میوفته اما امکانش هم هست که در ساختار دوم یا حتی اول بیوفته.
من عوامل پایداری ساختار را به تفکیک میخوام؛ مثلا بگید عامل پایدارکننده ساختار دوم .............؛ عامل پایدارکننده ساختار سوم ................
- ارسال ها
- 43
- لایک ها
- 48
- امتیاز
- 0
پاسخ : عوامل پایداری ساختار پروتئین
عامل پایدار کننده ساختار دوم : پیوند های هیدروژنی - مثلا برای آلفا هلیکس پیوند های هیدروژنی بین هر 4 آمینو اسید یک coil میده و برای صفحه های بتا , پیوند های هیدروژنی بین مثلا دو تا رشته ی موازی پلی پپتیدی تشکیل میشن و ساختار رو پایدارتر میکنن ( پیوند ها بین backbone های رشته ها تشکیل میشن )
عوامل پایدار کننده ساختار سوم : a) برهمکنش های آبگریز بین sidechain های آبگریز => وقتی این نیرو ها تشکیل شد جاذبه های واندر والس هم به وجود میان و...
b) پیوند های هیدروژنی بین sidechain های قطبی
c) پیوند های یونی بین sidechain های باردار با بار مثبت و منفی
این بالایی ها ضعیفن ولی پیوند های دی سولفید که در موردشون توضیح دادید بسیار قوی ترن و پل های دی سولفیدی ( _S-S_) ایجاد میکنن:4:
عامل پایدار کننده ساختار دوم : پیوند های هیدروژنی - مثلا برای آلفا هلیکس پیوند های هیدروژنی بین هر 4 آمینو اسید یک coil میده و برای صفحه های بتا , پیوند های هیدروژنی بین مثلا دو تا رشته ی موازی پلی پپتیدی تشکیل میشن و ساختار رو پایدارتر میکنن ( پیوند ها بین backbone های رشته ها تشکیل میشن )
عوامل پایدار کننده ساختار سوم : a) برهمکنش های آبگریز بین sidechain های آبگریز => وقتی این نیرو ها تشکیل شد جاذبه های واندر والس هم به وجود میان و...
b) پیوند های هیدروژنی بین sidechain های قطبی
c) پیوند های یونی بین sidechain های باردار با بار مثبت و منفی
این بالایی ها ضعیفن ولی پیوند های دی سولفید که در موردشون توضیح دادید بسیار قوی ترن و پل های دی سولفیدی ( _S-S_) ایجاد میکنن:4:
پاسخ : عوامل پایداری ساختار پروتئین
چرا نمیشه؟!
راستش دلیل اصلی پست من اینه که چرا بعضی وقتا موضوعاتی مطرح میشن که جوابشون میشه رونویسی از کتاب های بیوشیمی؟ چیزی که کاملا مشخصه دیگه چرا باید مطرح بشه؟
یه نکته جالب اینکه جدیدا مشخص شده توالی پلی پپتید 100% ساختار 3D رو تعیین نمیکنه. مثالش هم میشه یه سری از توالی های حدودا 30تایی تو بعضی از پروتئین های مربوط به cell signaling و یه سری پروتئین ها که بیشتر از یک کنفورماسیون پایدار و کارکردی دارن(منظورم چیزایی مثل کنفورماسیون فعال و غیرفعال و ... نیست، این کنفورماسیون ها از نظر عملکردی هیج ربطی به هم ندارن، در واقع میشه یه پروتئین (مثلا) دوکاره!)
(منبع: استرایر ویرایش 2012)
چرا نمیشه؟!
راستش دلیل اصلی پست من اینه که چرا بعضی وقتا موضوعاتی مطرح میشن که جوابشون میشه رونویسی از کتاب های بیوشیمی؟ چیزی که کاملا مشخصه دیگه چرا باید مطرح بشه؟
یه نکته جالب اینکه جدیدا مشخص شده توالی پلی پپتید 100% ساختار 3D رو تعیین نمیکنه. مثالش هم میشه یه سری از توالی های حدودا 30تایی تو بعضی از پروتئین های مربوط به cell signaling و یه سری پروتئین ها که بیشتر از یک کنفورماسیون پایدار و کارکردی دارن(منظورم چیزایی مثل کنفورماسیون فعال و غیرفعال و ... نیست، این کنفورماسیون ها از نظر عملکردی هیج ربطی به هم ندارن، در واقع میشه یه پروتئین (مثلا) دوکاره!)
(منبع: استرایر ویرایش 2012)
- ارسال ها
- 28
- لایک ها
- 30
- امتیاز
- 0
پاسخ : عوامل پایداری ساختار پروتئین
ساختار اول: اسيد هاي آمينه به وسيله ي پيوند پپتيدي به هم متصل مي شوند تا زنجيره هاي پلي پپتيدي را تشكيل دهند.علت پايداري : پيوند پپتيدي
ساختار دوم : زنجيره ها ميتونن به صورت ساختار هاي منظم تاخوردگي پيدا كنن.مثل مارپيچ آلفا و صفحه ي بتا.علت پايداري : ساختار دوم دو ساختار تكرار شونده به نام هاي مارپيچ آلفا و صفحه ي بتا دارد.مارپيچ آلفا و صفحه ب بتا و پيچش توسط يك الگوي منظم از پيوند هاي هيدروژني تشكيل ميشن كه بين گروه هاي n-h و c=o اسيد هاي آمينه اي كه در يك توالي خطي پپتيدي نزديك هم قرار دارند ايجاد ميشه.
ساختار سوم : پروتيين هايي كه در آب محلول هستند با ساختار هاي فشرده با هسته هاي غيرقطبي تا ميخورند.علت پايداري :يك سيستم زماني به لحاظ ترموديناميكي پايدار تره كه گروه هاي آب گريزش به جاي پراكنده شدن در آب ، جمع بشن.كه به الگوي پيوند دي سولفيد هم مرتبطه كه خودتون دربارش بحث كرديد.
ساختار چهارم: زنجيره هاي پلي پپتيدي ميتونن به صورت ساختار هاي چند زير واحدي كنار هم جمع بشن.ساختار چهارم به نظام خاصي كه بين زير واحد ها برقرار ميشه و ماهيت برهمكنش هاشون مربوطه.
ساختار اول: اسيد هاي آمينه به وسيله ي پيوند پپتيدي به هم متصل مي شوند تا زنجيره هاي پلي پپتيدي را تشكيل دهند.علت پايداري : پيوند پپتيدي
ساختار دوم : زنجيره ها ميتونن به صورت ساختار هاي منظم تاخوردگي پيدا كنن.مثل مارپيچ آلفا و صفحه ي بتا.علت پايداري : ساختار دوم دو ساختار تكرار شونده به نام هاي مارپيچ آلفا و صفحه ي بتا دارد.مارپيچ آلفا و صفحه ب بتا و پيچش توسط يك الگوي منظم از پيوند هاي هيدروژني تشكيل ميشن كه بين گروه هاي n-h و c=o اسيد هاي آمينه اي كه در يك توالي خطي پپتيدي نزديك هم قرار دارند ايجاد ميشه.
ساختار سوم : پروتيين هايي كه در آب محلول هستند با ساختار هاي فشرده با هسته هاي غيرقطبي تا ميخورند.علت پايداري :يك سيستم زماني به لحاظ ترموديناميكي پايدار تره كه گروه هاي آب گريزش به جاي پراكنده شدن در آب ، جمع بشن.كه به الگوي پيوند دي سولفيد هم مرتبطه كه خودتون دربارش بحث كرديد.
ساختار چهارم: زنجيره هاي پلي پپتيدي ميتونن به صورت ساختار هاي چند زير واحدي كنار هم جمع بشن.ساختار چهارم به نظام خاصي كه بين زير واحد ها برقرار ميشه و ماهيت برهمكنش هاشون مربوطه.