خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

[ali salehzadeh]

همه می دونیم که تفاوت اسیدهای آمینه در زنجیره جانبی (Side Chain) آنهاست و میدونیم که این زنجیره ها هر کدوم خواص فیزیکی متفاوتی دارن. بعضی ها غیرقطبین، بعضی ها قطبی، آلیفاتیک، آروماتیک و ......

سوال اینجاس که با توجه به خواص فیزیکی اسیدهای آمینه آیا انتظار داریم توزیع آنها در پروتئین یکنواخت باشه؟ مثلا در Active Site آنزیم ها و یا در محل چرخش زنجیره های پروتئینی و یا در سطح پروتئین های محلول در آب اسیدهای آمینه خاصی وجود دارد یا هر اسیدآمینه ای ممکن است وجود داشته باشد؟

 

[AminYar]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

نه توزیع یکنواخت ندارند. کلا درمورد پروتئین های معمول a.a های آبگریز و غیرقطبی(آلیفاتیک و آروماتیک) در درون پروتئین و قطبی ها ویا باردار ها در خارج پروتئین قرار میگیرند.
ولی درمورد اونهایی که غشایی اند و یا یک pore دارند توزیع برعکس میشود.
کلا a.aهای بارداری چون his(که گروه ایمیدازول داره) و قابل یونیزاسیون است در جایگاه فعال قرار می گیرند.

 

[ali salehzadeh]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

چه خوب نوشتی،لطفا میشه اینجا گروه بندی آمینو اسیدها را برامون بنویسی؟

 

[AminYar]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

استاد خب این موضوع هم توی لنینجر و هم توی استرایر بیان شده. من که نمیتونم کامل تر از اونا بنویسم.
فکر کنم بهتر باشه هرکسی خودش این ها را مطالعه کنه. بعد بیاد سوالای شما را جواب بده و بحث کنه.
اینطوری بهتر نیست؟

 

[ali salehzadeh]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

آره، حق با توئه. میخوای از یک گروه شروع کنیم، تموم که شد بریم سراغ بعدی؟ مثلا از قطبی ها شروع کنیم

 

[AminYar]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

گروه های جانبی قطبی را نیز میتوان اینگونه طبقه بندی کرد:
1- هیدروکسیل آلیفاتیک: شامل Ser و Thr(که یک مرکز کایرال اضافی داره).=>یعنی یک زنجیره کربنی که در انتها هیدروکسیل داره.
2- دارای کربوکسامید: شامل گلوتامین و آسپارژین. اینها مشتقات گلوتامات و آسپارتات هستند که یک متیلن اضافی دارند.
3- دارای تیول(سولفیدریل): که میشه سیستئین(sh-)

 

[ali salehzadeh]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

بریم سراغ غیرقطبی ها؟؟؟

 

[AminYar]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

بریم استاد.
غیرقطبی ها دو دسته اند. یکی دارای زنجیره آروماتیک و دیگری آلیفاتیک.
فعلا فقط مثال هاشون را میگم تا بقیه هم فعال بشوند.
آروماتیک: فنیل آلانین،تیروزین و تریپتوفان
آلیفاتیک: متیونین، ایزولوسین و لوسین، والین و پرولین.

 

[Fallen]

پاسخ : خصوصیات فیزیکی اسیدهای آمینه

اسید آمینه های باردار دو دسته ان :
1 - اسیدی : گلوتامات . آسپارتات
2 - بازی : هیستسدسن . آرژنین . لیزین