والا تا اونجايي كه من ميدونم پيوند هيدروژني فقط زماني تشكيل مي شوذ كه يك اتم هيذروژن بين دو تا از اتمهاي فلور يا اكسيژن يا نيتروژن قرار گيرد اين اتم هيدروژن با اتم كناري خود در مولكول خودش كه يكي از عناصر سه گانه است پيوند كوالانسي دارد و با يكي از اتمهاي سه گانه در مولكول ديگر پيوند هيدروژني برقرار مي كند
دليل تشكيل اين پيوند قوي ايجاد قطبيت زياد در شعاع كم در كل چگالي زياد بار در پيونده